​Ulusal Gıda Referans Laboratuvar Müdürlüğü (UGRL), 2011 yılında gerçekleştirdiği çalışmalarla, 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ve ilgili mevzuata uygun bir İç Kontrol Sistemini kurarak kuruma entegre etmiştir. Kurulan bu sistem; faaliyetlerin doğru, hızlı, etkili ve verimli şekilde yürütülmesini sağlamış, süreçlerin tanımlanması, kontrol noktalarının belirlenmesi, risk analizlerinin yapılması ve performans göstergeleri ile kurum performansının izlenmesine imkan tanımıştır. Kurulan yapı dinamik olup, kurumsal ihtiyaçlara göre düzenli olarak güncellenmekte ve iyileştirilmektedir.

İç Kontrol Sistemi; stratejik planlama, performans esaslı bütçeleme ve karar alma süreçlerinin sağlıklı işlemesini desteklemektedir. Ayrıca çağdaş yönetim anlayışı, stratejik insan kaynakları yönetimi ve sonuç odaklı performans değerlendirme yaklaşımıyla hizmet kalitesinin artırılmasına, çalışan memnuniyetinin sağlanmasına ve kurumsal etkinliğin geliştirilmesine katkı sunmaktadır. Bu sistem, UGRL'nin kurumsal altyapısının temel taşını oluşturarak, bundan sonra uygulanacak tüm yönetim sistemlerinin başarısı için sağlam bir zemin hazırlamaktadır.