969 Sayılı kanun ile Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Döner Sermaye İşletmeleri uygulama yönetmeliğinin esaslarına göre 2009 yılında kurulan Döner Sermaye İşletmesi, Ulusal Gıda Referans Laboratuvarı bünyesinde Maliye Bakanlığı Döner Sermayeli İşletmeler Muhasebe Yönetmeliğinde belirtilen Bütçe ve Bilanço esaslarına göre çalışmaktadır. 

Ulusal Gıda Referans Laboratuvar Müdürlüğünün faaliyet alanları ile ilgili görev, yetki ve sorumluluklar ile yönetmelikte sayılan faaliyetlerin yürütülebilmesi için Laboratuvar tarafından yapılan tahlil ve analiz hizmetlerinde kaynakların daha etkin, ekonomik ve verimli bir şekilde kullanılması sonucunda atıl kapasitenin üretime dönüşmesi ile mal ve hizmet üretimindeki artış ve yeni analiz metotlarından elde edilen gelirler Döner Sermaye İşletmesine Gelir kaydedilmek suretiyle Laboratuvar faaliyetlerinde ihtiyaç duyulan Mal ve Hizmetler Döner Sermaye bütçesinden karşılanarak Genel bütçeye katkı sağlanmakta; Dönem Sonu elde edilen karın % 20'si Hazineye yatırılmakta % 80'inin ise "Üretimi Teşvik Primi" olarak personele dağıtılması suretiyle hem çalışanların motivasyonu hem de laboratuvar hizmet kalitesinin yükseltilmesi sağlanmaktadır.