Müdürlüğümüz Tekirdağ İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü ismi ile, 30.12.1986 tarihinde bakanlık oluruna istinaden 21.01.1987 tarih ve 291 sayılı Araştırma Planlama Ve Koordinasyon Kurulu Başkanlığı genelgeleri gereğince 01.04.1987 faaliyete geçmek üzere kurulmuştur. Müdürlüğümüz 1989 yılı içinde analiz faaliyetlerine başlamıştır.​

            08/06/2011 tarih ve 27958 sayılı resmi gazetede yayınlanarak yürürlüğe giren KHK/639 karar sayılı Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hakkında Kararname ile Tekirdağ İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olan kurum ismimiz Tekirdağ Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir. Müdürlüğümüz Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü, Gıda Kontrol ve Laboratuvarlar Daire Başkanlığına bağlı ve yasal olarak sorumludur.​