Eski adı ile Mersin İl Kontrol Laboratuvarı Müdürlüğü; Bakanlığımızın 12.08.1986 tarih ve AID/G-1/4179 Sayılı genelgeleri ve 01.10.1986 tarih ve AID / 6282 Sayılı emirleri ile " Tarsus Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyonu Müdürlüğü " ile İl Müdürlüğü bünyesinde faaliyet gösteren Gıda ve Yem Laboratuvarlarının birleştirilmesiyle kurulmuştur.
Müdürlük olarak ilk çalışmalarına İl Müdürlüğünün Mersin merkez 15 km mesafedeki Karaduvar Mahallesinde bulunan binasının zemin katında başlamıştır.
25.07.1989 tarihinde ise Yenişehir İlçesi Gazi Mahallesinde Mülga Teknik Ziraat Müdürlüğü binasına taşınmıştır. Çalışmalarına halen burada devam etmektedir.
06.04.2011 tarihli ve 6223 sayılı Kanunun verdiği yetkiye dayanarak Bakanlar Kurulu'nca bakanlığımızın adı 03.06.2011 tarihinde Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı olmuş ve 639 sayılı Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname gereği kurumumuzun adı Mersin Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir.
