Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname, 5996 sayılı Veteriner Hizmetleri, Bitki Sağlığı, Gıda ve Yem Kanunu İle 01.10.2010 tarihli ve 27716 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren Kontrol Laboratuarlarının Kuruluş, Görev, Yetki, ve Sorumlulukları ile Çalışma Usul ve Esaslarının Belirlenmesine Dair Yönetmelik ve ilgili diğer hükümlere göre :

Müdürlüğümüz Gıda, Yem ve Su Ürünleri numunelerinde denetim, ithalat-ihracat ve özel istek amacıyla istenilen analizleri yapmak,

Gıda ve Yem Kontrol Hizmetleri için gerekli olan analiz ve ölçütleri konusunda standartlarına esas olmak üzere çalışmalar yapmak ve görüş bildirmek,

Uluslararası Yeterlilik Testlerine katılmak ve yurt içindeki resmi İl Kontrol Laboratuarları arasında kollobratif çalışmalarda bulunmak.

Türk Standartları Enstitüsünce hazırlanan gıda, yem, su ve su ürünleri ile ambalaj maddelerine ait taslak Standartlar hakkında görüş bildirmek,

Mahkemelerce görüş istenilen ihtilaflı konular hakkında teknik görüş bildirmek,

Gıda yem, su ve su ürünleri konularında çeşitli kamu ve özel kuruluşlardan gelen sorunlara çözüm getirici çalışmalar, araştırma projeleri hazırlamak ve yürütmek ve yapmak,

Gıda ve yem sanayinde ihtiyaç duyulan her seviyede eleman eğitimleri, Bakanlığımız personelinin hizmet içi eğitimleri ve öğrenci eğitimlerini düzenlemek ve yürütmek,

 Bakanlığımızca, Müdürlüğümüze verilen araştırma ve survey çalışmaları yapmaktır.​​​