Edirne Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğünün kurulması 1998/11856 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kararlaştırılmıştır. 11.11.1999 tarihli Bakanlık Olur’u ile Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü’nün eski hizmet binasının giriş katı tahsis edilmiştir.

Müdürlüğümüz 01.03.2003 tarihinde başlanan deneme amaçlı analiz çalışmalarını 05.02.2004 tarihinde tamamlayarak resmi analiz çalışmalarına başlamıştır.

Müdürlüğümüz, 03.06.2011 tarihli ve 639 sayılı Gıda,Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı’nın Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararnamenin 22. Maddesine göre oluşturulan Taşra Teşkilatı Listesinde 16. sırada Edirne Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak yer almıştır. Tarım ve Orman Bakanlığının Merkeze Bağlı Taşra Teşkilatı Birimlerinin İdari Bağlılıklarının Düzenlenmesi Hakkında Yönerge ile Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlı kuruluş olarak faaliyetlerine devam etmektedir.