Müdürlüğümüz, 1987 yılında İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü ismiyle kurulmuştu.
Adana Tarım Meslek Lisesi arazisinde bulunan, Pamuk Üretme İstasyonu Müdürlüğüne ait binanın üç odasında, idari birimleri oluşturulmuştur.
1988 yılında ise, Adana Tarım Meslek Lisesi arazisinde bulunan, prefabrik binaların bir tanesinde düzenlemeler yapılarak Gıda ve Yem analizlerinin yapılmasına başlanmıştır.
2001 Yılında Mikrobiyoloji Laboratuvarı, 2002 Yılında Fiziksel Analiz Laboratuvarı, 2003 Yılında ise Katkı ve Kalıntı Laboratuvarı ile Mikotoksin Laboratuvarının tadilat ve onarımı yaptırılmıştır.
2004 yılında Müdürlüğümüzün hazırladığı " Gıda ve Yemlerde Hormonlar, Veteriner İlaçları, Anobolizanlar ve Mikotoksinlerin Tespiti Projesi kapsamında Adana Valiliği İl Özel İdare imkanları ile 1 adet HPLC cihazı, Ülkemiz ve AB arasında ortak Yürütülen MEDA Projesi kapsamında ise 2004 yılında 32, 2005 Yılında 2 adet laboratuvar cihazı Müdürlüğümüze tahsis edilmiştir.
2006 yılında Biyogüvenlik Laboratuvarı kurulmuştur. Gıdalarda Ağır Metal ve Zirai İlaç Kalıntılarının İzlenmesi Projesi çerçevesinde Adana Valiliği İl Özel İdaresince 2 adet GC ve 1 adet GC-MS cihazları alınmıştır.
2007 yılı Ocak ayında meyve -sebzede Pestisit analizlerine başlanmıştır.
Aynı projeden 2007 Temmuz ayı içerisinde ikinci GC-MS cihazı ve Ağır Metal -Mineral analizleri için ICP/OES cihazı alınmıştır.
2007 yılında Adana Pamuk Üretme İstasyonu Müdürlüğüne ait kullanılmayan Pamuk Üretme İstasyonu Laboratuvar binası bir protokol ile Laboratuvar Müdürlüğümüze devredilerek, yapılan onarım ve düzenlemelerle bina laboratuvar haline getirilerek Numune Kabul ve Rapor Düzenleme Birimi ile Mineral Analiz laboratuvarı burada çalışmalarına başlamıştır.
Müdürlüğümüz 21 Kasım 2007 tarihinde TS EN ISO/IEC 17025 Standardına göre TÜRKAK' tan akredite olmuştur.
2008 yılında Akdeniz İhracatçılar Birliği tarafından 1 adet LC/MS/MS cihazının alınmasıyla, Rusya Federasyonuna ihracatta analizi istenilen pestisitlerde daha düşük seviyelere inilmiş, ihracat analizlerinde Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü tarafından laboratuvarımız yetkili kılınmıştır. Aynı yılın Şubat ayında Mineral Analiz Laboratuvarımızda mineral analizlerine başlanmıştır.
2009 Yılında Biyogüvenlik Laboratuvarında PCR metoduyla GDO analizlerine başlamış ve bu analizde de Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü tarafından yetkili kılınmıştır. Fiziksel Analiz Laboratuvarının hizmet alanının genişletilmesi çalışması gerçekleştirilmiştir.
2010 yılında Kimyasal Analiz Laboratuvarı yeni yerine taşınmıştır.
22.08.2011 tarih ve 639 sayılı KHK ile Bakanlığımızın yeniden yapılanması kapsamında Müdürlüğümüzün ismi “Adana Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" olarak değiştirilmiştir.
2012 yılında Mikrobiyoloji ve Biyogüvenlik Laboratuvar birimlerinin 29.12.2011 tarihinde yayınlanan “Gıda Kontrol Laboratuvarlarının Kuruluş, Görev, Yetki ve Sorumlulukları ile Çalışma usul ve Esasları" yönetmeliğine uygun olacak şekilde tek yönlü akış sistemine göre modernizasyonu yapılmıştır.
2012 yılında Kimyasal Analiz Laboratuvarına RID dedektörlü HPLC cihazı alınmıştır.
2013 yılında Katkı ve Kalıntı Laboratuvarına FLD –DAD dedektörlü HPLC ve Head Space cihazları alınmıştır.
2018 yılında Müdürlüğümüz yeni hizmet binasına taşınmıştır. Aynı yıl içerisinde, Kalıntı Analiz Laboratuvarımıza; 1 adet Orbitrap LC-MS ile 1 adet GC-MS/MS ve Mineral Analiz Laboratuvarımıza 1 adet ICP-MS cihazı alınmıştır.
2019 yılı aralık ayında, yeni hizmet binamız aşırı yağış ve su baskını sonucu zarar görmüştür. 2020 Mart ayında tekrar hizmet vermeye başlamıştır.
2021 yılında Biyogüvenlik Analiz Laboratuvarına 1 adet RT- PCR cihazı alınmıştır.
2022 yılında Kalıntı Analiz Laboratuvarına 1 adet GC-MS/MS cihazı alınmıştır.2022 yılında Tür Tayini Laboratuvarı kurularak ELISA cihazı alınmış, Biyogüvenlik Laboratuvarında yapılan tür tayini analizleri bu laboratuvara taşınmıştır.
2023 yılında Kalıntı Analiz Laboratuvarına 1 adet LC-MS/MS cihazı alınmıştır.
Müdürlüğümüz 6071 m² kapalı alan mevcudu ile yeterli çalışma ortamı ve altyapıya sahip hizmet binasında, yetkin personeli ile güncel metotları güçlü cihaz donanımını kullanarak Bakanlığımıza hizmet vermektedir.