Müdürlüğüz, 1967 yılında Mülga 3203 sayılı yasa ile Kayseri, Niğde, Nevşehir, Kırşehir illerini kapsayan Veteriner Bölge Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak kurulmuştur. 1985 yılında Bakanlığımız kuruluş ve görevleri ile ilgili 3161 sayılı kanunla da hizmet yönü ile aynı illeri kapsayan Kayseri İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak Tarım İl Müdürlüğü'ne bağlı olarak hizmet yürütmekte iken yine Bakanlığımızın 26.01.1995 gün ve 001401-839-13 sayılı tamimi ile Tarım İl Müdürlüğü bünyesinden çıkartılarak direk Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'nın Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne bağlanmıştır. 28.11.2000 gün ve MKD-BMZ.01.01.2000/135 sayılı Olur ile Tarım İl Müdürlüğü'ne bağlanmıştır.

Daha sonra 24.01.2006 tarihli ve 8 sayılı Makam Olur'u ile tekrar doğrudan Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'na bağlanmıştır. 

Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname(Karar Sayısı:KHK/639,03/06/2011 tarihli Bakanlar Kurulu kararı) gereği Müdürlüğümüzün ismi "Kayseri Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" olarak değişmiştir.

Müdürlüğümüz, 3046 sayılı Bakanlıkların Kuruluş ve Görev Esasları Hakkında Kanun, 1380 sayılı Su Ürünleri Kanunu ile 5996 sayılı Veteriner Hizmetleri, Bitki Sağlığı, Gıda ve Yem Kanunu ve 18.02.2022 tarihinde Resmi Gazetede yayımlanan Gıda Kontrol Laboratuvarları Yönetmeliği’nden sorumludur.