Kuruluşumuz 1965 Ocak ayında tarım ve su ürünlerinin teknolojik değerlerini saptamak ve bu bilgilere göre değerlendirme olanaklarını arttırmak; gıda sanayii kuruluşlarının durumlarını saptamak ve gelişmeleri için araştırmalar yapmak; bu kuruluşlara eleman yetiştirmek ve eğitmek amacıyla "Tarım Ürünleri Teknolojisi Araştırma ve Yayın İstasyon Müdürlüğü" adı ile kurulmuştur. Daha sonra;
1971-1973 yıllarında Zirai Araştırma İstasyon Müdürlüğü,
1973-1975 yıllarında GİSTEK Merkezi Müdürlüğü,
1975-1981 yıllarında Zirai Araştırma İstasyon Müdürlüğü,
1981-1986 yıllarında Gıda Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü adları altında faaliyetini sürdürmüştür.
Bakanlığımızın teşkilat ve görevleri hakkındaki 3161 sayılı kanun ve yürürlükteki diğer mevzuat hükümlerine göre yapılan düzenlemede Kurumumuz, 01.10.1986 tarihinden itibaren İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü adını almış ve Tarım İl Müdürlüğü' ne bağlı olarak hizmetini yürütmüştür. Tarım ve Köyişleri Bakanlığı' nın 16.01.1995 gün ve MKD-BAHB.2.14.94/5 sayılı Makam Olur'u ile Kurumumuz, doğrudan Bakanlığımız Koruma Kontrol Genel Müdürlüğü' ne bağlı hale getirilmiştir. Ayrıca İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak gerçekleştirilen isim değişikliği ile birlikte "Araştırma yapma yetkisi" de elinden alınan Kurumumuza, "Taşra Kuruluşlarının Yeniden Düzenlenmesi" kapsamında 14.11.2000 gün ve MKD-BDR.2.06.2000 sayılı Makam Olur' u ile Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğü' ne bağlı olarak tekrar "Araştırma Yapma Yetkisi" verilmiştir.
8 Haziran 2011 Tarihli ve 27958 Sayılı Resmî Gazete Mükerrerinde yayımlanan 639 sayılı GIDA, TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞININ TEŞKİLAT VE GÖREVLERİ HAKKINDA KANUN HÜKMÜNDE KARARNAME uyarınca Kurumumuzun ismi Çanakkale Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir.
