Çanakkale Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü, Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkındaki Kanun Hükmünde Kararnamenin 3. bölümünde, 7. maddesinde Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğünün görevleri arasında yer alan yer alan "Güvenilir gıda ve yem arzını sağlamak, bu amaçla politikalar oluşturmak ve denetlemek" konusunda ihtiyaç duyulan analizlerin gerçekleştirilmesi kapsamında Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne doğrudan bağlı olarak kontrol hizmetleri içinde yer alır.
Araştırma yetkisine sahip Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak; Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkındaki Kanun Hükmünde Kararnamenin 3. bölümünde, 12. maddesinde Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğünün görevleri içinde yer alan "Ulusal kalkınma planları doğrultusunda tarımsal araştırma ve geliştirme stratejilerini ve önceliklerini belirlemek, projeler hazırlamak, hazırlatmak, uygulamak ve uygulatmak." konusunda yürüttüğümüz gıda ve yem araştırma faaliyetleri bakımından Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü'ne bağlı yapımız bulunmaktadır.
Çanakkale Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü, 29 Aralık 2011 tarihli, 28157 sayılı resmi gazetede yayımlanan "Gıda Kontrol Laboratuvarlarının Kuruluş, Görev, Yetki ve Sorumlulukları ile Çalışma Usul ve Esaslarının Belirlenmesine Dair Yönetmelik" e göre oluşturulmuş idari ve teknik birimlerden oluşmaktadır.
Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığımız tarafından yayımlanan "Gıda Kontrol Laboratuvarlarının Kuruluş, Görev, Yetki ve Sorumlulukları ile Çalışma Usul ve Esaslarının Belirlenmesine Dair Yönetmelik" uyarınca Kurumumuz; gıda, gıda ile temas eden her türlü madde ve malzemeler ile yemlerin güvenilirliği, hijyen ve kalite analizlerini yapmak üzere görevlendirilmiştir.
Ayrıca; Ulusal ve Uluslar arası Yeterlilik testlerine katılmak, mahkemelerce görüş istenilen ihtilaflı konular hakkında teknik görüş bildirmek, Bakanlığımız personelinin hizmet içi eğitimleri ve öğrenci staj eğitimlerini düzenlemek ve yürütmek, Kurumumuzda hazırlanan Araştırma projelerini yürütmek, Bakanlığımızca verilen araştırma ve survey çalışmalarını yapmak Müdürlüğümüzün görevleri arasındadır.