Müdürlüğümüz Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Araştırma Planlama ve Koordinasyon Kurulu Başkanlığının 12.08.1986 tarih ve AİD/4-4179-58621 sayılı emirleri gereği 29 Haziran 1987 tarihinde kurulmuş, Ocak 1988 tarihinden itibaren Bakanlık İl Müdürlüğüne bağlı kuruluş olarak çalışmalarına başlamıştır.
16.01.1995 tarihinde ise Makam Oluru ile doğrudan Bakanlığa (Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğüne) bağlanmış daha sonra 2001 yılından itibaren Tarım İl Müdürlüğüne bağlı kuruluş olarak hizmetlerine devam etmiştir. Müdürlüğümüz, 3 Haziran 2011 tarihinde yürürlüğe giren 639 sayılı KHK ile Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğüne doğrudan bağlanmıştır. 10.07.2018 tarihinden itibaren 1 nolu Cumhurbaşkanlığı kararnamesi ile Tarım ve Orman Bakanlığı, Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlı laboratuvar olarak hizmetini sürdürmektedir.
Şanlıurfa Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü T.C. Tarım ve Orman Bakanlığına bağlı kamu kuruluşu olması hasebiyle mesleki sorumluluk sigortası yaptırmamaktadır. Bu durum 01-135 sayı ve 02.09.2020 tarihli güvence beyanı ile beyan edilmiştir.