Müdürlüğümüz, Veteriner Sağlık Laboratuvar Müdürlüğü olarak faaliyetlerini sürdürmekte iken, Bakanlık Taşra Teşkilatı ve görevleri hakkındaki 3161 sayılı kanun hükmü gereğince 01.10.1986 tarihinde İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü adı altında faaliyetini sürdürmekte olup, Bakanlık Makamının 26.01.1995 tarih ve 001401/13 sayılı tamimi ile doğrudan Bakanlığa bağlanmış, 13.12.2000 tarih ve 5066 sayılı Bakanlık onayı ile Amasya İl Tarım Müdürlüğüne bağlı kuruluş olarak bağlanmıştır.  08.06.2011 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan “Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname" (KHK/639) ile doğrudan merkeze bağlı taşra teşkilatı olarak faaliyet sürdürmekte olup, aynı Kanun Hükmünde Kararname ile Kurumumuzun ismi “Amasya Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" olarak değiştirilmiş olup doğrudan Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne bağlanmıştır.

         10.07.2018 tarihli Cumhurbaşkanlığı Teşkilat Hakkındaki 1 nolu Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile “Tarım ve Orman Bakanlığına" bağlı kuruluş olmuştur.