Mikrobiyoloji Analiz Laboratuvarında tüm gıda maddeleri, yemlerde zehirlenme ve gıda enfeksiyonlarına yol açan mikroorganizmaların mikrobiyolojik analizleri yapılmaktadır (denetim, özel istek, şikayet, ithalat, ihracat, izleme amaçlı mikrobiyolojik analizler). Analizlerde uluslararası geçerliliği olan metodlar kullanılmakta olup güncel takipleri yapılmaktadır.Yapılan validasyon çalışmaları ulusal ve uluslararası yeterlilik testlerine katılım sağlanarak analizlerin güvenirlikleri sağlanmaktadır.Gıda maddelerinin mikrobiyolojik kriterleri ile bunların toksin ve metabolitlerinin sınırlarını ve gıda işletmecilerinin uyması ve uygulaması gereken kuralları belirlemek amacıyla Avrupa Birliği ile uyum çerçevesinde ISO (International Standardization Organization) analiz yöntemlerini referans metot alarak 29.12.2011 tarih ve 28157 (3. mükerrer) sayılı Resmi Gazete'de Türk Gıda Kodeksi Mikrobiyolojik Kriterler Tebliğinde belirtilen kriterlere göre yapılıp değerlendirilmektedir. Mikrobiyoloji Analiz Laboratuvarı konusuyla ilgili değişiklikleri yakından takip ederek kendini geliştirmekte, analiz kalitesinden ödün vermeden analiz sürelerini kısaltacak; cihaz, metot ve teknikleri uygulamaya koymaya çalışmaktadır. Laboratuvarımızda konusuyla ilgili hizmet içi ve stajyer öğrencilere eğitim hizmetleri de verilmektedir.