Müdürlüğümüz gıda ve yem ile bunların imalatında kullanılan hammaddeler, tohumluk, zirai ilaçlar, su ürünleri ve su kirliliğinin kontrolü ve hayvan hastalıklarının teşhisi  amacıyla 1 Nisan 1987 yılında İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü adı altında kurulmuştur.​

Gıda , Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının kurulması; 6.4.2011 tarihli ve 6223 sayılı Kanunun verdiği yetkiye dayanılarak , Bakanlar Kurulu'nca 3.6.2011 tarihinde 639 Sayılı Kanun Hükmündeki Kararname ile kararlaştırılmıştır. Bu tarihte Bakanlığımızın yeniden kurulması ile Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlı olarak faaliyetlerini  “Çorum Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" adı altında yürütmeye devam etmiştir.

​Kurumumuz, 25-26 Ağustos 2014 tarihlerinde TÜRKAK tarafından yapılan ilk akreditasyon denetimi sonucunda; TSE EN ISO /IEC 17025 Deney ve Kalibrasyon Laboratuvarlarının Yeterliliği için Genel Şartlar standardının gereklerini sağlayarak, 24 Aralık 2014 tarihinde akredite edilmiştir.