​Bolu Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü 30.12.1986 tarihinde bakanlık oluruna istinaden 21.01.1987 tarih ve 291 sayılı Araştırma ve Planlama Koordinasyon Kurulu Başkanlığının genelgeleri gereğince 01.04.1987 tarihinde faaliyete geçmek üzere kurulmuştur.

1995 Yılına kadar Bakanlık İl Müdürlüğüne bağlı kuruluş olarak hizmet veren Müdürlüğümüz, Bakanlık Makamının 16.01.1995 tarih ve MKD-BAHB 21494/5 sayılı olurları gereği Tarım ve Köyişleri Bakanlığı Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlanmıştır. 2000 Yılı ortalarına kadar bu şekilde hizmet veren Müdürlüğümüz, Bakanlık Makamının 02.06.2000 tarih ve MKD-BDR.2.06.2000/133 sayılı olurları ile Bakanlık İl Müdürlüğüne yeniden bağlanmıştır. Son olarak Müdürlüğümüz, Bakanlık Makamının 24.01.2006 tarih ve 8 Sayılı Oluru ile hizmetlerimizin daha sağlıklı ve etkin olarak yürütülebilmesi ve Akredite olabilmemiz için, Olurda belirtilen diğer Laboratuvarlarla beraber Denetim ve Desteği Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğüne devredilmek üzere Bakanlığa Doğrudan Bağlı Kuruluş statüsü kazanmıştır.​ ​