Sivas Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü 1978 yılında Bölge Veteriner Sağlık ve Gıda Kontrol Hizmetlerinin yürütülmesi amacıyla Malatya Veteriner Sağlık Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü'nün kapatılıp laboratuvar malzemelerinin Sivas'a aktarılması ile kurulmuştur.
1986 Yılına kadar faaliyetlerini Veteriner Sağlık Kontrol Laboratuvarı adı altında yürütmüştür. Bakanlık Makamının 13.06.1986 tarih ve 4179 sayılı emirleri ile Tarım İl Müdürlüğü'ne bağlı İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü'ne dönüştürülmüştür.16.01.1995 tarihli Makam Olur'u ile Bakanlığımız Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak 28.11.2000 tarihine kadar faaliyetini sürdürmüştür. Bakanlık Makamının 28.11.2000 tarih ve 135 sayılı Olur'u ile İl Tarım Müdürlüğü'ne bağlı kuruluş olarak görevini devam ettirmiş, 03.06.2011 tarih ve 639 Sayılı KHK gereğince Bakanlığımızın ismi Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı olarak değiştirilmiş ve yeniden yapılanma sürecinde Müdürlüğümüz Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlı kuruluş olarak ismi de Sivas Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak değişmiştir. Müdürlüğümüz 10 Temmuz 2018 tarihli ve 30474 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında 1 Nolu Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi gereği Tarım ve Orman Bakanlığı Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlı Sivas Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak görevine devam etmektedir.