1983 yılında Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyon Laboratuvarı olarak kurulan Müdürlüğümüz 1986 yılında Samsun Tarım İl Müdürlüğü’ne bağlı İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü olarak yeniden düzenlenmiş; 1995 yılında ise Tarım ve Köyişleri Bakanlığı Koruma Kontrol Genel Müdürlüğü’ne doğrudan bağlanmıştır.

2011 yılında ise bugünkü konumu olan Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğüne doğrudan bağlı Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü haline dönüştürülmüştür.

Müdürlüğümüz 29 Kasım 2005 tarihinden itibaren TÜRKAK tarafından akredite edilmiştir.​