Müdürlüğümüz, 08.09.1973 tarihli makam oluru ile Ülkemizin tarıma dayalı gıda ve içki sanayi ile bu sanayi sektörünün ürettiği mamullerin teknolojik sorunlarının çözümü, kalite ve standart kontrollerinin sağlanması amacı ile “GİS-TEK Araştırma Laboratuvarı Müdürlüğü" adı altında kurulmuş ve bu amaca uygun olarak teçhiz edilmiştir.
13.05.1975 tarihinde Bakanlık Konseyince asıl amaç bu olmakla beraber, tıbbi ve ıtri bitkilerin ıslahına yönelik araştırmalar yapmayı da sağlayacak biçimde amacı genişletilmiş ve ismi “Zirai Araştırma İstasyonu Müdürlüğü" olarak değiştirilmiştir.
17.01.1985 gün ve 18638 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe giren “Tarım Orman Ve Köyişleri Bakanlığı Taşra Teşkilatının Kuruluşu, Görevleri, Çalışma Usul Ve Esasları Hakkında Yönetmelik" gereğince Bakanlık İl Müdürlüğü kurulmuş ve Müdürlüğümüz 25.02.1985 tarih ve KOD/09/009/1161-1616090 sayılı yazı ile Bakanlık İl Müdürlüğüne bağlı kuruluş haline getirilmiştir.
Bakanlık Araştırma Planlama Koordinasyon Kurulu Başkanlığının 12.08.1986 tarih ve AİD-6-1/4179-58621 sayılı emirleri ile 01.10.1986 tarihinden itibaren Bakanlık İl Müdürlüğüne bağlı “İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü “ haline getirilmiştir.
Bakanlık Makamının 16.01.1995 tarih ve MKD-BAHB 2.14.94/5 sayılı olurları gereğince Tarım ve Köyişleri Bakanlığı Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğüne doğrudan bağlı kuruluş haline getirilmiştir.
Bakanlık Makamının 14.11.2000 tarih ve MKD-BDR.2.06.2000/133 sayılı olurları ile İl Müdürlüğüne bağlı bir kuruluş haline getirilmiştir.
TKB İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığının 30.04.2002 tarih ve 23657 sayılı yazıları ile Döner Sermaye Saymanlığı kapatılarak İl Müdürlüğü Döner Sermaye Saymanlığına devredilmiştir.
Bakanlık makamının 24.01.2006 tarih ve B.12.0.APK.0.06.640-8 sayılı olurları gereğince doğrudan bakanlığa bağlı kuruluş haline getirilmiştir.
03.06.2011 Tarihli 639 sayılı “Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname"ye istinaden laboratuvarımızın adı “Isparta Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" olarak değişmiş olup doğrudan Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne bağlanmıştır.
10.07.2018 tarihli Cumhurbaşkanlığı Teşkilat Hakkındaki 1 nolu Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile “Tarım ve Orman Bakanlığına" bağlı kuruluş olmuştur.