Isparta Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü şu birimlerden oluşmaktadır.
- Kalite Yönetim Birimi
- Numune Kabul ve Rapor Düzenleme Birimi
- Mikrobiyoloji Analiz Birimi
- Fiziksel ve Itri Analiz Birimi
- Kimyasal Analiz Birimi
- Katkı ve Mineral Analiz Birimi
- Mikotoksin ve Kalıntı Analiz Birimi
- İdari ve Mali İşler Şefliği
- Sivil Savunma ve Seferberlik Hizmet Birimi
- Döner Sermaye Saymanlığı