16.01.1995 tarih ve MKDBAHB.2.14. 95/5 sayılı Bakanlık Olurları ile bu tarihten İtibaren doğrudan Bakanlık Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlanmıştır. Ancak Bakanlık Makamının 14.11.2000 tarihli olurları ile yeniden Tarım İl Müdürlüğüne bağlı kuruluş haline getirilmiştir. Son olarak 03.06.2011 tarih ve 639 sayılı "Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararnamenin 22. Mad. 2. Fıkrasına istinaden doğrudan merkeze bağlı taşra teşkilatı haline getirilmiştir.
Tarım ve Köyişleri Bakanlığının görevleri arasında bulunan gıda ve yem ile bunların imalatında kullanılan ham maddeler, su ürünleri ve su kirliliğinin kontrolünü yapmaktır.
Müdürlüğümüz 1992 yılı Şubat ayından itibaren gıda, Temmuz ayından itibaren yem, 1997 yılı Nisan ayından itibaren atık su, 1998 Yılından itibaren Mikrobiyoloji analizlerini ve 2011 Yılından itibaren Aflatoksin analizlerini yapmaya başlamıştır. 2023 yılı başından itibaren ise Ulusal Kalıntı İzleme Planı (UKİP) kapsamında katkı-kalıntı analizleri yapılmaya başlanmıştır.