​  Diyarbakır Gıda Kontrol Laboratuvarı Şehitlik Köşkler Mahallesi Şehitlik Caddesinde 12.970 m2 lik saha içinde 1959 yılında Veteriner Bölge Laboratuvarı olarak faaliyete geçmiştir. 

         Müdürlüğümüzün ilk nüvesi 1961 yılında Enstitü haline çevrilerek Veteriner Bakteriyoloji ve Seroloji Enstitüsü Müdürlüğü adı altında çalışmalarına devam etmiştir. 

         Bakanlığımızın 30.03.1979 tarih ve 32952-004126 sayılı yazılı emirleri gereğince kurumumuzun adı Veteriner Bölge Sağlık Kontrol Laboratuvarı Müdürlüğü şeklinde değiştirilmiş ve çalışmalarına 1 Ekim 1986 tarihine kadar devam etmiştir. 

         Ayrıca 1984 yılında kurulan Diyarbakır Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyon İstasyonu Müdürlüğü ise çalışmalarına sadece tarla kontrolleri yaparak 1 Ekim 1986 tarihine kadar devama etmiştir. 

         Tarım ve Köyişleri bakanlığı Araştırma Planlama ve Koordinasyon Kurulu Başkanalığının 12 Ağustos 1986 tarih ve AİD/G-1/4179-58621 sayılı yazılı emirleri gereği Kurumumuz Mülga Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyon İstasyonu Müdürlüğünün teşkili ile Diyarbakır İl Kontrol Laboratuvarı Müdürlüğü adı altında 1 Ekim 1986 tarihinde kurulmuştur. 

        Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Araştırma Planlama ve Koordinasyon Kurulu Başkalnlığı’nın 16 Ocak 1995 Tarihli yazılarıyla Müdürlüğümüz doğrudan Bakanlığımız Koruma Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlanmıştır. 

       06.04.2011 tarihli ve 6223 sayılı kanun verdiği yetkiye dayanılarak 03.06.2011 tarihinde Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Gıda Kontrol Genel Müdürlüğüne doğrudan bağlı Diyarbakır Gıda Kontrol Laboratuvarı adını almıştır.

        Bakanlığımız 703 sayılı kanun hükmünde kararname ile lağvedilmiş Tarım ve Orman Bakanlığı adını alarak  10.07.2018 tarih ve 30474 sayılı resmi gazete yayınlanan Cumhurbaşkanlığı 1 nolu kararnamesi ile Tarım ve Orman Bakanlığı görev tanımları yapılarak laboratuvarımız  2 sayılı listede yer almıştır.