Müdürlüğümüz Bakanlık Makamının 30.12.1986 tarihli olurları ve APK Kurul Başkanlığının 21.01.1987 tarih ve AİD/6-1-291 sayılı emirleri ile Bakanlık İl Müdürlüğünün koordinatörlüğünde 01.04.1987 tarihinde faaliyete geçmek üzere İl Kontrol Laboratuvarı Müdürlüğü adı altında kurulmuştur. Bakanlık Makamının 16.01.1995 tarihli olurlarıyla Müdürlüğümüz doğrudan Tarım ve Köyişleri Bakanlığı Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne bağlanmıştır. Yine Bakanlık Makamının 14.11.2000 tarihli olurları ve APK Kurul Başkanlığının 15.11.2000 tarih ve MKD-BDR.2.06.2000 sayılı emirleri ile tekrar Muğla Tarım İl Müdürlüğüne bağlanmıştır.

 8 Haziran 2011 tarih ve 27958 sayılı Mükerrer Resmi Gazetede yayınlanan KHK/639 karar sayılı “Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı’nın Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname” ile bakanlığımızın isim ve yapısı değişmiştir. Adı geçen kararnamenin 22. Maddesinin hükümlerine dayanılarak hazırlanan “Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Merkeze Bağlı Taşra Teşkilatı Birimlerinin İdari Bağlılıklarının Düzenlenmesi Hakkında Yönerge” bakanlığımızın Hukuk Müşavirliği’nin 08.07.2011 tarihli ve B12.0.HKM.0.02.144 / MEV-2008-236/36 sayılı yazısı ile yürürlüğe konulmuştur. Böylece laboratuvarımız “Muğla Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü” adıyla ve Tarım ve Orman Bakanlığı Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü’ne doğrudan bağlanarak Merkeze Bağlı Taşra Teşkilatı olarak faaliyetlerine devam etmektedir.​