Tarım Bakanlığının Kuruluş ve Teşkilat Kanununa (3203 sayılı) dayalı olarak 16.12.1971 tarihli olur ile "Gıda İşleri Genel Müdürlüğü" kurulmuştur. 03.06.1976 tarihinde genel müdürlüğe bağlı olarak "Ankara Gıda Kontrol, Eğitim ve Araştırma Enstitüsü" kurulmuştur. 07.06.1973 tarihinde yürürlüğe giren 1734 sayılı Yem Kanunu ile yemlerin uygunluğu zorunlu hale gelmiştir. Bu görevi yürütmek üzere Makamın 30.07.1974 tarihli oluru ile Yem Tescil ve Kontrol İşleri Genel Müdürlüğüne bağlı "Merkez Yem Analiz Laboratuvarı" kurulmuştur.

Bakanlığımız Araştırma Planlama ve Koordinasyon Kurulu Başkanlığının 12.08.1986 tarihli ve AİD/G-1/4179 sayılı yazıları gereğince, "Ankara Gıda Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü" ile "Yem Kontrol ve Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü" birleştirilerek, "Ankara İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü" kurulmuştur.

Ayrıca 13.11.1986 tarihinde "İkizce Su Ürünleri Araştırma ve Eğitim Merkezi Müdürlüğü" lağvedilerek görevi Ankara İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğüne devredilmiştir.

Ankara İl Müdürlüğüne bağlı olarak çalışmalarını sürdüren Müdürlüğümüz, Bakanlığımızın 16.01.1995 Tarih ve MKD-BAHB-2.14.1995/5 sayılı Olurları gereğince doğrudan Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlanmıştır.

Bakanlık Makamının 15.11.2000 tarih ve MKD BDR-2-06-2000 sayılı Olur'larının ekindeki taşra kuruluşları yeniden düzenlenmesine dair cetvelin 4. maddesi gereği Müdürlüğümüz, Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğüne bağlı ve proje bazında TAGEM' e karşı sorumludur.

8 Haziran 2011 tarih ve 27958 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri hakkındaki 639 sayılı kanun hükmünde kararname ile kurumumuz Ankara Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü Merkeze bağlı taşra teşkilatı olarak tanımlanmıştır.